Este famoso científico polaco-prusiano estudió en la Universidad de Cracovia(1491-1494) probablemente bajo las directrices del matematico wojciech brudzewski. Viajó por Italia y se inscribió en la Universidad de Bolonia (1496-1499), donde estudió derecho,medicina,griego,filosofia y trabajó como asistente del astronomo domenico de novara
En 1500 fue a Roma, donde tomó un curso de ciencias y astronomia , y en 1501 volvió a su patria y fue nombrado canonigo en la catedral de frauenburg, cargo obtenido merced a la ayuda de su tío Lucas Watzenrode.
Pese a su cargo, volvió a Italia, esta vez a Padua (1501-1506), para estudiar Derecho y Medicina, haciendo una breve estancia en Ferrara (1503), donde obtuvo el grado de Doctor en Derecho Canónico.
Reinstalado definitivamente en su país (1523), se dedicó a la administración de la diócesis de Warmia, ejerció la Medicina, ocupó ciertos cargos administrativos y llevó a cabo su inmenso y primordial trabajo en el campo de la Astronomía.
Falleció el 24 de mayo de 1543 en Frombork, Polonia. En 2005 un equipo de arqueólogos polacos afirmó haber hallado sus restos en la Catedral de frombork, teoría que fue verificada en 2008 al analizar un diente y parte del cráneo y compararlo con un pelo suyo encontrado en uno de sus manuscritos. A partir del cráneo, expertos policiales, reconstruyeron su rostro, coincidiendo éste con el de su retrato.
El 22 de mayo de 2010 recibió un segundo funeral en una misa dirigida por Józef Kowalczyk, nuncio papal en Polonia y recién nombrado Primado de Polonia. Sus restos fueron de vuelta enterrados en el mismo lugar, en la Catedral de Frombork. Una lápida de granito negro ahora lo identifica como el fundador de la teoría heliocéntrica y lleva además la representación del modelo de Copérnico del sistema solar, un sol dorado rodeado por seis de los planetas.
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